macOS Venturaにおいて、環境設定ツールでの入力モードの設定の変更をシステムに保存されるようにするには、フルディスクアクセスの許可が必要になります。

v3.0.2以降では、環境設定ツールで入力モードの「設定」ボタンをクリックすると、フルディスクアクセスの設定を行うように促すアラートを表示し、システム設定へ誘導します。下記の手順で、入力モードの設定前に、「かわせみ３」に対してフルディスクアクセスの許可を与えてください。

1. 入力モードの「設定」ボタンをクリックしてフルディスクアクセスの設定を促すアラートが表示されたら、「システム設定を開く」をクリックします。（すでにフルディスクアクセスの許可がある場合はアラートは出ず、そのまま入力モードの設定が続行できます。）
2. システム設定の、「プライバシーとセキュリティ」タブが選択され、「フルディスクアクセス」が表示されます。
3. 「かわせみ３」の項目のスイッチをONに切り替えます。
4. なければ、追加してスイッチをONにします。追加は、Finderからドロップします。（/Library/Input Methods/に「かわせみ３」があります。）
5. 「かわせみ３」を今すぐ終了するか聞かれたら「終了して再度開く」を選択します。
6. 「環境設定ツール」で「入力モード：」の「設定」ボタンをクリックし、入力モードのチェックボックスを切り替えてOKをクリックします。なお、チェックボックスをオンにする際にシステム設定が開き、かわせみ３を有効にするか聞かれるのでOKをクリックします。
7. 設定が終了したら、システム環境設定で、手順４．でオンにした「かわせみ３」のチェックボックスをオフにします。（推奨）

※ 環境設定ツールで、フルディスクアクセスの許可が必要な動作は、入力モードの設定だけです。セキュリティ上の観点から、設定が終了したらフルディスクアクセスの許可を取り消すことを推奨します。